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中央選舉委員會（下稱中選會）依據公民投票法第9條第6項規定建置「全國性公民投票電子連署系統」，經審計部查核發現，該系統自107年底建置完成後遲未開放運作，經函請檢討改善，中選會已訂於113年4月10 日系統正式上線。
審計部指出，政府為便利人民徵求公民投票提案及辦理連署，於107年1月3日修正公布公民投票法，其中第9條第6項明定主管機關應建置電子系統，提供提案人之領銜人徵求提案及連署。嗣中選會在107年底建置完成「全國性公民投票電子連署系統」，並於其後年度持續辦理系統維護及資安檢測等，期提供一個簡單、方便、安全的公民投票案連署管道。
然而，審計部於111年4月查核發現，中選會自「全國性公民投票電子連署系統」建置完成以來，陸續辦理資安檢測修正、資安稽核改善及建立相關資安防護措施等，歷時數年尚未上線運作，遂函請中選會洽資安主管機關協助評估系統狀態，儘速完成相關資安防護，以利系統順利上線。
審計部表示，經追蹤改善情形，中選會依據資安主管機關7度資安稽核結果，持續強化「全國性公民投票電子連署系統」的資安防護措施，現已整備完成，訂於113年4月10日正式上線。往後，民眾如要連署全國性公民投票案，可透過提案人之領銜人提供的網址進入電子連署系統，使用自然人憑證並輸入身分證號、憑證Pin碼，按下「我要連署」鍵，就能完成連署，系統操作介面簡單方便，有助提升全國性公民投票案的連署效率。