金門縣各非營業特種基金會計制度訂修情形，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，部分基金尚未訂定會計制度，或未導入企業會計處理準則或因應會計法修正，適時檢討修正會計制度，經函請檢討改善，已全面訂定(修正)會計制度，俾完備基金管理制度規章。
審計室指出，行政院主計總處為提升作業基金財務報表品質，以妥適評估作業基金之營運績效，自108年起地方政府已全面導入企業會計處理準則；又因應會計法於108年11月20日修正公布，辦理相關會計作業規範之修正〔包含債務、特別收入及資本計畫等基金會計科(項)目、會計月報及決算書表格式〕。截至109年底止，金門縣計有17個非營業特種基金。
然而，審計室於109年11月查核發現，金門縣歷經戰地政務時期補償基金等5個基金尚未訂定會計制度；金門縣住宅基金等2個基金名稱已變更、惟會計制度名稱仍未配合修正；金門縣醫療作業基金等10個基金尚未導入企業會計處理準則或因應會計法修正，檢討修正會計制度內容等，審計室遂於110年4月函請金門縣各主管機關檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，除金門縣城鄉發展基金已於111年度改列公務預算外，其餘16個非營業特種基金業於110年10月至113年1月間新(修)訂完成會計制度，供作各該基金會計事務處理之準繩，提升財務報表品質。