苗栗縣政府(下稱縣府)訂定之縣內各鄉鎮市公所一般廢棄物焚化處理費收費標準，經審計部臺灣省苗栗縣審計室查核發現，未依廢棄物清理法等規範，覈實反映清除處理成本，且連續3年仰賴縣庫彌補差額，增加財政負荷，經函請檢討改善，已提高收費標準，並提升焚化廠營運管理成效，減輕財政負擔。
審計室指出，廢棄物清理法第26條第2項及第3項規定，縣（市）主管機關針對民有民營一般廢棄物焚化廠之每公噸建設成本，應自90年起分年徵收並專款專儲；苗栗縣環境保護基金收支保管及運用辦法第7條規定，廢棄物清除處理項目經費來源包括清除處理費收入及焚化廠收取垃圾處理費等。
然而，審計室於111年12月查核發現，苗栗BOT焚化廠自97年2月29日正式營運，依契約規定，縣府環境保護局(下稱環保局)應支付廠商處理縣內一般廢棄物每公噸處理費用為2,246元，惟環保局針對縣內各鄉鎮市公所之一般廢棄物，長期以來每公噸僅徵收800元至1,200元之處理費，不敷支付處理成本，又環境部補助該焚化廠建設攤提費收入逐年以5％遞減，致縣府自109至111年度需由縣庫自籌款支應之提撥建設成本共1億5千萬元，增加財政負荷，審計室遂於112年2月函請環保局積極檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，環保局已於112年12月修正苗栗縣垃圾焚化廠處理收費標準，提高縣內各鄉鎮市公所一般廢棄物處理費，由每公噸徵收1,200元，調增至每公噸1,600元，並自113年1月1日起施行，提升焚化廠營運管理成效並減輕財政負擔。