高雄市政府水利局(下稱水利局)獲農業部漁業署及內政部國土管理署補助辦理前鎮漁港下水道系統整建工程，經審計部高雄市審計處查核發現，港區內重點污染源事業用戶尚未配合申辦污水接管、中區污水處理廠之水污染防治許可證(文件)遲未獲核發等情，經函請檢討改善，重點污染源事業用戶已全數完成接管，並取得展延水污染防治許可證，改善前鎮漁港泊區生態水質暨港區衛生。
審計處指出，高雄市前鎮漁港自57年竣工已50餘年，雨水、污水未能分流，廢(污)水流入港區造成水質惡化，影響漁港泊區生態水質及整體環境衛生，前行政院農業委員會(112年8月1日改制為農業部)為營造符合國際標準之空間環境，訂定前鎮漁港建設專案中長程計畫(110至113年度)，依該計畫水利局獲農業部漁業署及內政部國土管理署補助辦理前鎮漁港下水道系統整建統包工程及前鎮漁港下水道系統整建工程(高雄污水區部分)(下稱整建工程)，重新規劃下水道系統，及港區內污水下水道系統銜接高雄污水區系統至中區污水處理廠之相關整建工程，補助金額計15億餘元。
然而，審計處於111年9月查核發現，整建工程施工進度已近7成，惟港區內12戶重點污染源事業用戶尚未配合申辦接入污水下水道；水利局申辦中區污水處理廠之水污染防治許可證展延案遲未獲核發，恐影響後續統包工程完工後代操作期程等情，審計處遂於111年11月函請水利局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，截至112年11月底止，水利局已完成12戶重點污染源事業用戶污水下水道接管作業，中區污水處理廠水污染防治許可證業經同意展延至116年，以改善前鎮漁港泊區生態水質暨港區衛生。