交通部航港局（下稱航港局）依船舶法等相關規定辦理船舶檢丈作業，經審計部交通建設審計處查核發現，該局漁船檢丈作業尚欠積極，船舶航行管控機制未臻完善，經函請積極妥處，已修正「交通部航港局處置漁船違規改建注意事項」，並就涉及違規改建之漁船落實裁罰作業。
　　審計處指出，航港局為保障船舶航行與海上人命安全，依船舶法辦理船舶檢丈業務，並訂有船舶檢查規則、船舶丈量規則、小船檢查丈量規則等，以為執行準據，及建置船舶管理系統輔助管理業務。
　　然而，審計處於111年4月查核發現，航港局未就海巡署通報涉有走私或密艙紀錄之漁船，積極查察有無擅自改裝（變造）船體情形，且間有已發現違規修改船身者，仍未依規定裁處；另部分船舶藉由申請停航規避檢查，形成管理漏洞，甚有違規出港航行等情事。
　　審計處表示，經追蹤改善情形，航港局已於111年6月23日修正該局處置漁船違規改建注意事項，經統計截至112年7月底止，已就涉及違規改建之漁船累計裁罰438萬餘元。另航港局並與海巡署建立通報機制，輔以跨機關間之資訊系統介接及勾稽比對，積極查處違規出港之船舶，以強化船舶管理及維護航行安全。