交通部為強化都市運輸效能，改善鐵路平交道及沿線都市環境，補助地方政府推動各項捷運、輕軌及鐵路立體化等軌道建設計畫。經審計部查核發現，交通部對於該等計畫興建及營運期間自償率達成情形之監督考核作業未臻周延，經函請檢討改善，已針對受補助地方政府辦理軌道建設計畫提送自償率達成情形增訂作業原則，俾確保興建財源無虞及永續經營。
交通部積極發展大眾運輸系統，每年編列鉅額預算補助地方政府辦理捷運、輕軌及鐵路立體化等軌道建設計畫，要求就計畫興建及營運階段可挹注建設經費之各項收入，包含土地開發效益、增額容積價金、租稅增額、附屬事業收入及營運收入等，納入計畫自償性財源，並依工程建設投入經費等相關現金流出，估算計畫自償率，據以掌握財務計畫可行；受補助之地方政府亦配合成立軌道建設基金，並訂定基金相關收支保管及運用自治條例或辦法，確保計畫執行順遂。
審計部查核發現，現行交通部管考作業，係著重於計畫執行期間之預算及進度控管，惟對於自償性財源及自償率之達成情形，或受補助計畫所屬地方政府基金管理機關之內部控制機制等，並未於計畫興建及營運期間進行監督考核，不利確保計畫財務健全，恐增加政府未來財政負擔之風險，審計部遂於109年6月15日函請行政院督促所屬研謀改善。
審計部表示，經持續追蹤改善情形，截至111年底止，交通部已訂定「受補助地方政府辦理軌道建設計畫提送自償率達成情形作業原則」，監督計畫執行期間地方自籌財源能力及債務舉借情形，健全財務管理，俾確保軌道建設之興建財源無虞及永續經營。