臺南市政府財政稅務局(下稱財稅局)辦理臺南市轄內房屋稅徵課業務，經審計部臺南市審計處查核發現，未依房屋持有戶數採取差別稅率，且土地公告現值與地段率未呈正向相關，經函請檢討改善，已公告修正臺南市房屋稅徵收率自治條例，並調整地段率，以維護租稅公平。
審計處指出，依臺南市房屋稅徵收率自治條例規定，臺南市供自住或公益出租人出租使用者房屋稅率為房屋現值之1.2％，非自住用房屋，按其現值1.5％課徵，並建置財政稅務地理資訊應用平臺，作為評定房屋稅地段率調整之參考。
然而，審計處於109年10月查核發現，財稅局辦理房屋稅徵課作業，未依持有房屋戶數訂定差別稅率，不論持有戶數多寡均採取單一稅率課徵；另運用地理資訊軟體比較土地公告現值與房屋稅地段率間有部分公告現值較高之地區，其地段率卻相對偏低等不合理現象，審計處遂於110年2月函請財稅局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，財稅局已於110年12月21日公告修正臺南市房屋稅徵收率自治條例，針對持有戶數訂定差別稅率，自111年7月施行，適用於112年5月開徵之房屋稅；並於111年不動產評價委員會決議調整地段率，計調整158個路段，以確實反映房屋價值與合理化房屋稅負，維護租稅公平。