農業部 (原行政院農業委員會於112年8月1日改制) 為建立無重大疾病養豬家園，推動清除豬瘟政策，經審計部教育農林審計處查核發現，全國出生豬隻及肉豬預計於112年1月1日起停止施打豬瘟疫苗，惟該部尚未訂定豬瘟防疫標準作業程序，作為疫情發生時控制及應變處理作業之指南，經函請檢討改善，已函頒豬瘟防疫標準作業程序供各界遵循。
審計處指出，農業部規劃分3階段推動豬瘟清除計畫，第1階段（110至111年度），主要工作係落實全面疫苗注射、環境監控及產業風險溝通；第2階段（112年至113年6月），在各項評估指標符合前提下，開始進入停止豬瘟疫苗注射及持續疫情監控階段，預計112年1月1日起全國出生豬隻及肉豬將停止施打豬瘟疫苗（不包括種豬），以作為112年7月1日全國養豬場停止施打豬瘟疫苗之風險評估重要科學依據；第3階段（113年6月起），於拔針滿1年後向世界動物衛生組織（WOAH）申請成為豬瘟非疫區。
然而，審計處於111年11月查核發現，距全國出生豬隻及肉豬將停止施打豬瘟疫苗之日期（112年1月1日）僅剩1個月餘，農業部尚未訂定豬瘟防疫標準作業程序，作為疫情發生時控制及應變處理作業之指南，遂於112年2月函請農業部檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，農業部已訂定豬瘟防疫標準作業程序，明定疫情通報、撲殺方式及動物屍體處理等項目之具體措施，並於112年3月6日函知地方政府及所屬動物防疫機關暨相關產業團體，於豬瘟疫情發生時，依程序通報災害狀況，採取必要應變措施，以提升災害防救應變能力，降低疫情之衝擊與損失。