台灣自來水公司辦理馬公6,000噸海淡廠興建工程計畫（下稱馬公海淡廠），經審計部查核發現，該公司未確實有效督導廠商修正細部設計書圖，影響計畫執行進度，經函請檢討改善，已完工啟用，每日可供應澎湖縣馬公市6,000噸自來水，滿足澎湖地區用水需求。
審計部指出，經濟部為持續提升離島地區居民用水品質，推動離島地區供水改善計畫第二期，其中由台灣自來水公司興建馬公海淡廠，計畫經費5億元，預計於111年底前完工產水，並可與地下水及湖庫水源聯合運用供水，以滿足澎湖馬公地區120年度目標用水需求。
然而，審計部於111年11月查核發現，台灣自來水公司辦理馬公海淡廠未確實有效督導廠商修正細部設計資料，致110年7月核定廠商基本設計後，屢因細部設計缺漏延宕審查期程，費時近10個月始獲審查通過，影響計畫執行進度，致截至111年11月底止，僅完成1組海淡機組試運轉產水，尚有2組海淡機組未完成，顯無法於預定時程111年度前完工產水。審計部遂於112年1月函請台灣自來水公司檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，台灣自來水公司已督促廠商趲趕工進，馬公海淡廠已於112年6月20日竣工並啟用，每日可供應馬公市6,000噸自來水，有效滿足澎湖地區用水需求。