農業部農田水利署(原行政院農業委員會農田水利署112年8月1日改制，下稱農田水利署)因應109年水情嚴峻，辦理停灌區實際耕作農民補償。經審計部教育農林審計處查核發現，部分申請停灌補償之農地同時領有同期作休耕獎勵金等情事，經函請檢討妥處，已收回溢發之停灌補償款項，並建置資訊系統，建立跨機關資料檢核機制，以提升停灌補償案件審查之效能。
審計處指出，109年因天候乾旱不雨，缺水情形嚴重，農田水利署為減少農民損失，辦理109年第2期作及110年第1期作停灌事宜，並給予停灌區實際耕作農民補償，協助受影響之農民及業者，渡過缺水難關。依停灌範圍內補償原則規定，已辦理對地綠色環境給付計畫之生產環境維護措施者（種植綠肥、景觀及翻耕等），不予補償。
然而，審計處於110年11月查核發現，農田水利署核定109年第2期作及110年第1期作停灌補償案件，部分申請停灌補償之農地同時領有同期作對地綠色環境給付計畫之生產環境維護措施(休耕)獎勵金，或核定停灌補償面積大於地政機關登載之土地面積等情事，遂於111年1月函請農業部督促農田水利署檢討妥處。
審計處表示，經追蹤改善情形，截至112年6月底止，農田水利署已收回溢發之停灌補償款項983萬餘元，並建置「農田水利灌溉管理整合雲系統」，增設停灌(節水措施)補償申請及審核等相關功能，建立跨機關資料檢核機制，以提升停灌補償案件審查之效能，使補助資源發揮最大效益。