前行政院農業委員會(112年8月改制為農業部下稱農委會)，依農田水利法第4條第1項規定，劃設並公告農田水利事業區域，經審計部教育農林審計處查核發現，部分管理處之農田水利事業區域（灌區）服務範圍有重疊情形，致農民於不同管理處重複申領停灌補償，經函請檢討改善，已重新檢討釐正農田水利事業區域服務範圍，並完成公告作業。
審計處指出，農田水利法第4條第1項規定，農委會應依河川水系、地理環境及經濟利益劃設農田水利事業區域，並公告之。該會於109年11月10日公告農委會農田水利署宜蘭等17個管理處之農田水利事業區域範圍。
然而，審計處於110年11月查核發現，110年初因石門水庫集水區降雨不足，經濟部及農委會會銜公告桃園管理處部分農田水利事業區域（第1、2分區）及石門管理處農田水利事業區域為110年第1期作停灌補償範圍，由補償範圍內實際耕作者填具申請書，向相關管理處工作站提出申請，並由各管理處辦理補償金審查、發放作業，惟部分管理處之農田水利事業區域服務範圍有重疊情形，且因各管理處間對於停灌補償之申領尚無檢核機制，致衍生部分桃園地區農民於桃園及石門管理處申請停灌補償而重複領取補償金之情事，審計處遂於111年1月26日函請農委會檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，農田水利署業釐清各管理處間重疊之事業區域權屬，並分別於111年7月1日及112年5月3日公告修正南投、彰化、桃園及石門管理處農田水利事業區域範圍，有助於提升各管理處農業灌溉用水服務及品質。