交通部鐵道局（下稱鐵道局）辦理臺南市區鐵路地下化計畫（下稱臺南鐵路地下化），經審計部交通建設審計處查核發現，臺南鐵路地下化自98年執行迄今，陸續挖掘19處文化遺跡，影響計畫期程，經函請交通部督促檢討改善，鐵道局已持續監看工程尚未開挖部分，若挖掘新遺跡，將積極辦理維護保存，同時督促廠商調整工序，降低對整體計畫期程之影響。
審計處指出，鐵道局為改善臺南鐵路平交道造成市區阻隔及交通壅塞情形，於88年啟動臺南鐵路地下化綜合規劃作業，經行政院於98年9月9日核定，計畫期程自98年9月至106年5月，經費293億餘元，惟執行期間因辦理聖功女中遺址維護保存等因素，致計畫期程展延至115年11月，經費增加至336億餘元。
然而，審計處於112年4月查核發現，臺南鐵路地下化C211標臺南北段地下化、C212標臺南車站地下化及C213標林森站路段地下化等3案（下稱C211至C213標）工程，自106年陸續開工至112年4月底止，又再挖掘北轉車台、府城城垣、三合土及爐灶等18處地下遺跡，已影響計畫期程推動，審計處遂於112年6月函請交通部督促檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，鐵道局已持續監看C211至C213標工程尚未開挖部分，若挖掘新遺跡，將配合相關法令積極辦理維護保存，同時督促廠商調整工序，增加機具設備加強趲趕，降低對整體計畫期程之影響。