衛生福利部(下稱衛福部)訂定醫療機構辦理醫療事業廢棄物管理作業，經審計部查核發現，部分醫療機構有巡察稽核作業方式辦理不一，及部分醫療事業廢棄物再利用比率偏低等情事，經建請衛福部檢討改善，已修正相關表格範例供醫療機構參考應用，俾使醫療事業廢棄物管理作業更臻完善。
審計部指出，衛福部為提升所屬醫療機構醫療事業廢棄物管理效能與推動醫療事業廢棄物減量及再利用作業，函頒相關管理檢核(紀錄)表供所屬辦理自主檢查，並輔導醫療機構進行資源回收與再利用工作。
然而，審計部查核發現，衛福部函頒之廢棄物管理檢核表規定可不定期巡察稽核，與前行政院環境保護署110年2月修正發布「事業委託清理之相當注意義務認定準則」規定須每季定期巡察稽核作業有間，且部分醫療機構巡察稽核作業辦理方式不一；又部分醫療機構C-0504廢尖銳器具及C-0514感染性廢棄物之再利用比率仍屬偏低。審計部遂於111年6月函請衛福部檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，衛福部已於111年8月3日修正「衛生福利部__醫院(療養院)廢棄物管理檢核表」，將巡檢頻率由每季或不定期修正為每季定期巡察稽核，並訂定「衛生福利部__醫院巡察稽核表」，供所屬依循；另於112年5月12日修正「醫療院所廢棄物、廢水自主管理紀錄表(第7版)」，新增「了解院內可再利用品項，並儘量採行再利用方法」等查核內容，以增加資源循環再利用，減少資源消耗。