南投縣政府(下稱縣府)輔導轄內未登記工廠業者合法化作業，經審計部臺灣省南投縣審計室查核發現，逾2成申請納管未登記工廠遲未提出工廠改善計畫，又改善計畫審查作業進度控管未臻完善，經函請檢討改善，部分案件已駁回將依工廠管理輔導法相關規定辦理外，其餘均已提出改善計畫，並加強案件控管。
審計室指出，依工廠管理輔導法第28條之5規定，低污染之既有未登記工廠經同意納管，應於112年3月19日前提出工廠改善計畫。另依未登記工廠停止供電供水作業程序第3點規定，105年5月19日以前之非屬低污染既有未登記工廠，申請納管後未於112年3月19日前提出工廠改善計畫，縣(市)主管機關應依工廠管理輔導法第30條規定令其立即停工。
然而，審計室於112年3月查核發現，截至112年2月底止，南投縣申請納管未登記工廠計388家，計有103家遲未提出改善計畫，又已提出改善計畫之工廠，審查作業進度控管未臻完善，經於112年4月函請縣府檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，據縣府統計，截至112年6月底止，轄內尚未提出改善計畫之未登記工廠，有25家遭駁回或自行撤案，後續將依規定辦理稽查及裁處，其餘78家均已提出改善計畫；另縣府已建置「工廠納管、改善計畫、特登工廠、臨登轉特登之案件登載表」，加強案件控管成效。