臺南市漁港及近海管理所(下稱漁港所)掌理轄內7處漁港設施維護與管理，經審計部臺南市審計處查核發現，該所經管之將軍漁港直銷中心2樓牆面滲水、港區遭停放廢棄車輛；安平漁港臨時性漁具倉庫堆置私人物品及廢棄物，影響周遭環境整潔與安全，經函請檢討改善，牆面滲水已完成改善，及促請清除非漁業作業使用器具，並獲「金鑑漁港」二星級獎，成為臺南市觀光旅遊新亮點。
審計處指出，臺南市轄內計有安平、將軍、青山、北門、蚵寮、四草、下山等7處漁港，為活化漁港、振興漁業發展並帶動地方產業，前臺南縣政府於94年興建將軍漁港觀光魚市直銷中心，供漁貨直銷及餐飲服務；另於安平漁港建設臨時性漁具倉庫計100間，提供港區內漁船(筏)所有人漁業作業使用。
然而，審計處於111年3月查核發現，將軍漁港直銷中心2樓走廊牆面滲水嚴重，致地面積水影響民眾通行，並有孳生病媒蚊之虞，又港區倉庫區域遭民眾停放廢棄車輛，不僅影響漁民作業空間，亦造成環境髒亂；安平漁港臨時性漁具倉庫內置有瓦斯桶、瓦斯爐、沙拉油、腳踏車、輪胎、沙發等非漁業作業使用器具，影響公共安全，且不符漁具倉庫設立宗旨，審計處遂於111年5月函請漁港所檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，漁港所已於111年7月完成將軍漁港直銷中心2樓牆面改善作業，及移除廢棄車輛、漁具倉庫內非漁具用品，強化港區環境整潔，上述2漁港並於112年6月15日經行政院農業委員會漁業署第三屆「金鑑漁港」評選為二星級獎，成為臺南市觀光旅遊新亮點。