國家科學及技術委員會（下稱國科會)為提供執行專題研究計畫專任人員約用彈性，授權各執行機構自行訂定工作酬金及各項加給之標準，經審計部查核發現，國立中興大學(下稱中興大學)等大學授權計畫主持人自行訂定工作加給幅度及金額，缺乏嚴謹之審核程序，經函請國科會督促檢討修正相關規定，已修正專任助理及博士後研究員加給彈性報酬審議程序，兼顧人員進用之專業、彈性及公平性。
審計部指出，中興大學就專任助理及博士後研究人員訂有專任助理約用注意事項、博士後研究員進用及管理實施要點，依據各該注意事項及實施要點規定，博士後研究員或專任助理辦理計畫業務卓有績效，由計畫主持人自行核定酌給工作加給，項目包括專業能力、特殊出勤及其他特殊加給等。
然而，審計部於111年10月查核發現，中興大學111年1月1日至10月13日，核定專任人員加給件數共105件(64人)，加給金額397萬餘元，其中高達32人加給金額占其當月薪資之20％至76.27％，均由主持人自行核定，易流於主觀判斷及影響公平性，且國立陽明交通大學及國立臺北科技大學亦有類此情事，經函請國科會督促檢討修正相關規定。
審計部表示，經追蹤改善情形，國科會已於112年4月24日函請各執行機構建立合宜之分層審核機制，另中興大學已於111年11月30日及12月30日修正計畫專任助理約用注意事項、博士後研究員進用及管理實施要點，規定彈性報酬達一定金額以上，應經計畫人員彈性報酬審議委員會審議通過，以兼顧人員進用之專業、彈性及公平性。