交通部觀光局（下稱觀光局）為保障合法旅宿業者及維護旅客權益，補助地方政府執行違法旅宿稽查作業相關經費，並就管理情形進行考評。經審計部交通建設審計處查核發現，部分地方政府未依規定落實非法旅宿稽查取締及管理；任由非法旅宿長年租（占）用公有土地違法營業等，致非法旅宿存在多年，未能有效處理，經陳報監察院，業經該院糾正相關地方政府。
審計處指出，觀光局為協助地方政府執行違法旅宿管理工作，自94年起編列預算補助地方政府執行該項業務，近5(105至109)年度核定經費逐年增加，累計金額達1億7,682萬餘元。
然而，審計處於110年6月查核發現，全國非法旅宿家數並未因觀光局補助執行稽查、取締、輔導合法化等而減少，部分地方政府未依規定落實稽查取締及管理作業，致非法旅宿長期違法經營，其中非法存在達10年以上者達3百餘家，甚有部分旅宿業於取得合法營業登記證後，違規擴大營業；又部分地方政府任由非法旅宿長年租(占)用公有土地違法營業，或參與政府國旅補助活動、運用政府機關網站刊登住宿資訊等，惟未有效處理。經於110年7月5日陳報監察院，案經該院立案調查，於111年12月13日公告糾正新竹縣政府、南投縣政府、雲林縣政府、嘉義縣政府、屏東縣政府及花蓮縣政府。（詳監察院公報第3306期）