經濟部水利署(下稱水利署)依規定應擬訂經濟部水資源計畫審查作業要點，報請經濟部審議後訂定之，經審計部查核發現，水利署迄未完成該要點之法制作業，影響重大水資源計畫審議事宜。經函請水利署檢討改善，該審議作業要點已於112年3月13日公告發布，有助重大水資源計畫審議作業之遂行。
審計部指出，政府為明確規範重大水資源計畫之提案與審議流程、審議要項、計畫書格式及其他應辦事項，於經濟部水資源審議委員會設置要點第4點規定，由水利署擬訂經濟部水資源計畫審查作業要點，經水資源審議委員會審議後，報請經濟部訂定之。
然而，審計部於111年4月查核發現，水利署迄未擬訂經濟部水資源計畫審查作業要點送水資源審議委員會審議，肇致各市縣政府及水利單位提送重大水資源計畫，迭遭審議委員指正計畫書之格式不符致延誤審議作業，嗣經濟部雖函示依「行政院所屬各機關中長程計畫編審辦法」(下稱中長程計畫編審辦法)規定格式提送計畫書，惟國家發展委員會(前身為行政院研究發展考核委員會)早於97年12月30日廢止中長程計畫編審辦法，長期造成各市縣政府及水利單位提報重大水資源計畫書乏相關準據依循。審計部遂於111年6月9日函請水利署檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，水利署已積極完成法規制定作業，於112年3月13日增訂經濟部重大水資源計畫審議作業要點，作為重大水資源計畫審議之準據，俾利計畫審議作業之遂行。