雲林縣衛生局(下稱衛生局)為加強C型肝炎(下稱C肝)篩檢與治療，於108年啟動C肝微根除計畫，經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，部分鄉鎮民眾C肝篩檢陽性率偏高，惟治療量能不足，經函請改善，已加強設點普篩及治療，提供近便性服務，保障民眾健康。
審計室指出，衛生局為加強C肝篩檢與治療，協調縣內各醫療院所，配合成人預防保健業務，辦理B、C型肝炎篩檢與治療合作服務，截至110年9月底止，與189所醫院或診所簽訂篩檢合約，其中可提供治療之院所計21所。
然而，審計室於110年10月查核發現，篩檢與治療院所集中於斗六市、虎尾鎮、北港鎮等3市鎮，而元長鄉等4鄉108年1月至110年8月底止，轄內民眾C肝篩檢結果陽性率高於全縣平均值(9.07％)，且為衛生福利部國家消除C肝辦公室列管C肝潛勢風險最高之第7級地區，惟無治療機構；又治療率低於全縣平均值(90.11％)者，計有土庫鎮等5鄉鎮，其中僅土庫鎮有1家治療院所，治療機構配置未盡適足，審計室遂於110年11月函請衛生局研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，衛生局已積極協調各醫療院所，截至111年10月底止，轄內各鄉鎮市均已設有篩檢及治療合約院所，可提供治療之院所由110年9月之21所，增加至66所，提供民眾篩檢與治療近便性。據衛生福利部統計，截至111年11月底止，雲林縣45至79歲民眾C肝篩檢涵蓋率為54.3％，較108年之30.4％，提升23.9個百分點，另C肝病毒陽性個案治療率達95.90％，提升肝炎防治成效，保障民眾健康。