澎湖縣政府(下稱縣政府)為確保民眾海上遊憩活動安全，制定澎湖縣海上平台管理自治條例，辦理海上平台執照審查與聯合稽查作業，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，海上平台業者繳交執照費遠低於該府每年需投入海域水質監測等經費，經函請研謀改善，已於澎湖縣海上平台管理自治條例增訂收取海域使用費規範，以投入資源維護澎湖海洋環境，確保海洋生態永續發展。
審計室指出，隨著海上平台觀光產業的推動與發展，衍生垃圾棄置、污水排放等環境污染問題，縣政府乃制定澎湖縣海上平台管理自治條例，督促業者恪遵法律規範，以維護海上平台產業服務品質，並抑減環境污染問題，確保澎湖海洋生態永續發展。
然而，審計室於109年12月查核發現，澎湖縣海上平台業者計有10家，經統計近1年(108年7月至109年6月)使用海上平台遊客累計約12萬8,119人次，業者收取登船費總收入約4,484萬餘元，惟經估算業者繳交該府之執照費每年(105至109年)僅約4萬餘元，遠低於該府投入內灣海域水質監測及稽查人力經費約342萬餘元(109年度)，海域環境維護成本與收入存有落差，審計室遂於110年1月函請該府研議收取適當費用之可行性。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府為使澎湖海洋生態永續發展，基於海洋環境使用者付費之公平原則，依規費法第8條規定，已於112年1月5日修正澎湖縣海上平台管理自治條例，增訂海上平台業者應定期按前年度遊客出港人數級距計算繳交海域使用費之規定，俾投入資源維護海洋環境，確保海洋生態永續發展。