澎湖縣政府衛生局(下稱衛生局)所屬衛生所辦理工作人員獎勵金發給作業，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，部分衛生所發放獎勵金予非正職人員，惟衛生局未妥訂獎勵金發給對象，及獎勵金發放比例不一等未盡公允情事，經函請研謀改善，業訂定所屬衛生所人員獎勵金發給原則，健全獎勵金發放規範。
審計室指出，衛生局參照行政院地方機關慢性病防治所與衛生所及健康服務中心人員獎勵金發給要點，於102年2月26日訂定「澎湖縣醫療作業基金各衛生所(含慢防所)工作人員獎勵金發給原則及評分核計基準」，函請所屬各衛生所據以核發獎勵金，獎勵各鄉市衛生所人員，以提高醫療服務品質。
然而，審計室於111年8月查核發現，部分衛生所發放獎勵金予非正職人員，惟該局未明確規範獎勵金放給對象，且評分項目與非正職人員工作事項未能連結，亦未規範醫師及醫師以外人員獎勵金分配比例，致部分醫師與醫師以外人員獎勵金分配比例不一等未盡公允情事，審計室遂於111年10月函請研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，衛生局已檢討上開獎勵金發給原則及評分核計基準，於111年10月18日訂定「澎湖縣政府衛生局所屬衛生所人員獎勵金發給原則」，規範獎勵金發放對象、績效評估及分配原則等標準，俾合理分配獎勵金，激勵士氣以提升服務品質與營運績效。