前科技部(現改制為國家科學及技術委員會)所屬各科學園區管理局(下稱管理局)辦理園區事業管理費收繳作業，經審計部查核發現，部分事業調整銷售額未適時向管理局申請更正，或未依申報書銷售額輸入管理費系統，影響管理費計收，經函請前科技部研謀改善，已收回短繳之管理費及提升抽核比率，強化管理費收繳機制。
審計部指出，依科學園區管理費收取辦法第3條規定，園區事業依承租之土地或廠房面積計算繳納基本費，其營業額之千分之一點九超過前項基本費者，改依營業額千分之一點九繳納管理費。截至109年6月底止，園區事業共867家，依照營業額計收管理費者共463家，由各園區事業於管理局建置之管理費系統中輸入銷售額等資料，以計算管理費，並由各管理局不定期辦理抽核或每年抽核一定比率。
然而，審計部於109年11月查核發現，各管理局管理費系統104年至109年6月園區事業之銷售額資料，其中71家之261筆資料，銷售額共1,971億7,408萬餘元，與審計部109年10月函詢財政部財政資訊中心提供該等園區事業「營業人銷售額與稅額申報書」所列之銷售額2,018億8,054萬餘元，相差達47億642萬餘元，經審計部於110年2月5日函請前科技部查明妥處並檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，前科技部已清查收回短繳之管理費計314萬餘元，且自110年度起抽核比率由每年10％提升至15％或100％，另110及111年度新增查獲34家廠商銷售額資料填報不正確，並收回短繳管理費7萬餘元，已有效強化收繳機制，增裕管理費收入。