金門縣文化園區管理所(下稱文管所)於103年1月成立，負責金門歷史民俗博物館之營運管理，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，該所尚未訂定文物典藏制度規章，不利文物之保存、維護及管理，經函請研謀改善，已訂定相關典藏制度規章，並完成審議及入藏文物117件，以健全典藏制度，強化文物管理。
審計室指出，文管所組織規程第3條規定其職掌包括金門歷史民俗博物館文物之收集、登錄、典藏、陳列、保存，及文物典藏相關法令之增修訂、釋疑、審議、指定公告、廢止等。104年至108年度該所受贈文物計3,023件，連同金門縣文化局移撥之胡璉將軍相關文物等2,196件，總計5,219件。
然而，審計室於109年4月查核發現，文管所迄未訂定相關典藏制度規範，亦未設置文物審議委員會，文物審議及入藏等作業尚乏執行準據，又收藏之文物中除2,487件置於展場或典藏室外，餘2,732件經簡易包裝後堆放倉庫內，且未詳細造冊列管，管理機制未健全，審計室遂於109年6月函請研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，文管所已分別於111年8月及11月訂定「金門縣文化園區管理所典藏政策」、「金門縣文化園區管理所文物審議委員會設置要點」及「金門縣文化園區管理所文物典藏作業要點」等3項制度規章，並已將倉庫內之文物分類造冊管理。另截至112年1月底止，已完成814件文物初步檢視工作，提供310件予審議委員會進行審議，審議結果，收入文物館藏者117件，該所將賡續辦理文物之審議與入藏作業，以健全典藏制度，強化文物管理。