中央已建置民間團體補(捐)助系統(下稱CGSS)供各機關作為核定補(捐)助案件、撥款及核銷作業之參據，並輔導地方政府納入，審計部查核發現部分地方政府使用或介接情形尚有強化空間，經函請行政院主計總處(下稱主計總處)檢討改善，已持續輔導市縣政府使用或介接，提升補(捐)助資源運用效能。
審計部指出，國家發展委員會為利中央各機關查詢補(捐)助民間團體案件有無重複或超出所需經費等情形，作為辦理核定、撥款及核銷作業之參據，建置CGSS，於104年度上線啟用，嗣為提升管理效能，自109年1月起移由主計總處維運與管理。主計總處為使CGSS資料逐步涵蓋中央及地方政府，擴大系統查詢效益，已輔導地方政府納入。
然而，審計部於110年12月查核發現，110年度地方政府計有475個機關(單位)已使用或介接，核定金額計167億餘元，相較於109年度歲出決算列有補(捐)助民間團體之機關(單位)個數計715個，仍有多數機關(單位)未能使用或介接，不利跨機關資料查詢比對有無重複補助等問題；且經彙整市縣政府運用CGSS情形，計有系統導入未周延、制度規章未完善及內部審核欠嚴謹等缺失態樣。審計部遂於111年1月函請主計總處持續輔導地方政府使用或介接CGSS及督導改善相關缺失，以強化政府整體補(捐)助資源之運用效能。
審計部表示，經追蹤改善情形，主計總處已持續輔導市縣政府使用或介接CGSS，及早全面納入，並函請各市縣政府就缺失態樣注意改善。經統計111年度地方政府計有710個機關(單位)已使用或介接，核定金額計379億餘元，較110年度增加235個機關(單位)、211億餘元，增幅分別達47.30％、126.11％，有助於擴大系統查詢效益，使中央及地方政府即時查詢民間團體接受政府補(捐)助之全貌，防杜重複補(捐)助或補(捐)助經費超過計畫總經費之情事，強化政府整體補(捐)助資源之運用效能。