臺南市政府(下稱市府)辦理菸害防制相關業務，經審計部臺南市審計處查核發現，市府未針對電子煙、加熱菸等新型菸品制定相關防制措施，不利推行菸害防制業務，經函請檢討改善，已公告新型菸品危害防制自治條例，加強維護民眾健康。
審計處指出，市府為有效控制菸害問題，積極辦理菸害防制教育及戒菸宣導，輔導管理轄內菸酒製造及販賣業者，執行菸酒抽檢及衛生檢查，並每年召開菸酒聯合稽查及取締小組會議，落實菸害防制執法稽查與取締。
然而，審計處於110年3月查核發現，新型菸品已進入臺南市校園，對青少年健康造成嚴重危害，且因各類新型菸品非屬現行菸害防制法之管制範圍，致無法針對業者進行裁處或管理，衛生福利部雖已提出菸害防制法修正草案，惟尚未完成立法程序（按：立法院已於112年1月12日三讀通過），為填補菸害防制法修正前之執法空窗期，審計處遂於110年5月函請市府研議訂定相關自治條例。
審計處表示，經追蹤改善情形，市府已於111年7月公告「臺南市新型菸品危害防制自治條例」，全面禁止製造、輸入、販賣、展示、廣告、促銷或贊助電子煙、加熱菸等新型態菸品，違者最高可處10萬元罰鍰，另針對禁菸場所使用電子煙或加熱菸等新型菸品者，最高可處1萬元罰鍰，加強維護民眾健康。經統計截至111年底止，已裁罰7案，罰鍰4萬餘元。