雲林縣政府（下稱縣政府）為強化對民間團體補（捐）助預算執行管理效能，自110年3月起，推動該府及所屬一級機關暨鄉鎮市公所使用民間團體補（捐）助系統（Civil Group Subsidy System，下稱CGSS），經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，相關補（捐）助作業規範未盡完備，且部分單位尚未導入使用，經函請研謀改善，已修正作業規範，並督導所屬全面運用CGSS系統，提升管理效能。
審計室指出，行政院主計總處自110年度起，將地方政府推動使用或介接CGSS系統納入中央對市縣政府計畫及預算考核項目，包括所屬一級機關、單位及所轄鄉鎮市公所有補（捐）助民間團體者，已使用或介接該系統登載資料比率。縣政府於102年7月1日修正發布「雲林縣政府各機關對民間團體及個人補（捐）助預算執行應注意事項」，截至110年底止，縣政府及所屬一級機關暨鄉鎮市公所，計有35個單位辦理補（捐）助民間團體案件。
然而，審計室於111年4月查核發現，上開注意事項未明定各單位辦理補（捐）助案件應登載於CGSS系統；縣政府部分局處及古坑鄉公所等單位辦理補（捐）助案件，仍未使用CGSS系統登載資料等情事，審計室遂於111年5月函請縣政府研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已於111年9月修正「雲林縣政府各機關對民間團體及個人補（捐）助預算執行應注意事項」，明定各項補（捐）助資訊應登載於CGSS系統，截至111年9月底止，該府及所屬一級機關暨鄉鎮市公所辦理補(捐)助民間團體案件，均已於CGSS系統登載案件資訊，以健全相關預算之執行管理。