新竹市政府（下稱市政府）辦理民間團體補（捐）助案件審核業務，經審計部臺灣省新竹市審計室查核發現，市政府未介接使用行政院建置之民間團體補（捐）助系統（下稱CGSS系統），且對民間團體補（捐）助經費相關作業規範未臻完備，經函請研謀改善，已介接使用CGSS系統並新（修）訂相關規定，強化補（捐）助案件之源頭審核控管作業。
審計室指出，行政院為利整體資源運用及掌握補助案件申請情形，建置CGSS系統並於104年1月啟用，供各機關登載民間團體補（捐）助案件相關資料。市政府網站公告104至106年度對民間團體補（捐）助金額介於8,420萬餘元至1億697萬餘元間，補助約5百餘單位。
然而，審計室於107年3月查核發現，新竹市受補助金額超過100萬元者，計有32個單位，補助次數介於3次至20次，最高補助金額為263萬餘元，市政府未介接CGSS系統，亦無其他統合機制，不利了解整體資源運用情形，審計室遂於107年5月函請檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，市政府已於110年1月介接使用CGSS系統，另於111年1月修正「新竹市政府對民間團體及個人補捐助經費作業規範」，明定對民間團體補（捐）助之資訊，應登載於CGSS系統，查詢有無重複或超出所需經費等情形，作為辦理核定及撥款作業之參據。截至111年8月底止，已登錄3,474件、補助金額6億4,791萬餘元。