經濟部為協助中小企業健全發展，輔導其自立成長，於80年設置中小企業發展基金（下稱中小基金），並劃歸為作業基金，經審計部查核發現，中小基金長期仰賴公務預算撥充財源挹注，且與預算法第4條規定所訂有關經付出仍可收回之作業基金性質未符，經函請中小基金管理機關經濟部中小企業處(下稱中企處)研謀妥處，已報請行政院核復同意自112年度起，將中小基金由作業基金調整為特別收入基金，並開源節流充實財源。
審計部指出，經濟部為協助中小企業改善經營環境，於80年依中小企業發展條例第9條第1項規定設置中小基金，隸屬於經濟作業基金項下之分基金，期透過專案貸款、設置育成中心及輔導、補助等措施，促進中小企業發展。
　　然而，審計部於111年3月查核發現，中小基金近5年度（106至110年度）累積短絀由31億7,363萬餘元擴大至67億5,643萬餘元，短絀缺口倍增，107至110年度雖已由國庫撥充基金計20億2,489萬餘元，基金淨值仍由107年底之36億9,802萬餘元縮減為110年底之25億6,811萬餘元，又中小基金辦理輔導、補助中小企業等計畫未具自償性，尚未符預算法第4條規定所訂有關經付出仍可收回之作業基金性質，審計部遂於111年4月14日函請中企處研謀妥適處理。
　　審計部表示，經追蹤改善情形，中企處為使中小基金符合基金性質，已報請行政院核復同意自112年度起，將中小基金由作業基金調整為特別收入基金，並持續加強基金運用，積極爭取科技專案預算，以利基金開源節流充實財源。