金門縣動植物防疫所(下稱動植物防疫所)辦理動物收容中心管理情形，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，金門縣動物收容中心管理作業規範(下稱作業規範)尚乏管理策略與動物福利指標，經函請檢討改善，已修正作業規範，完善管理機制。
審計室指出，動植物防疫所為強化動物收容中心之管理及服務，協助改善遊蕩動物問題，提升民眾對收容中心之正面觀感，於99年2月間訂定作業規範，嗣為建立流浪動物處理作業流程及達成提升動物收容量能與品質之目標，於107年11月修正作業規範。
然而，審計室於110年11月查核發現，動植物防疫所迄未就行政院105年12月第3527次會議有關「因應動物收容處所停止人道處理之調整措施」包括「快速有效減少收容動物來源」等5項，研訂明確之收容處所管理策略及動物福利指標，審計室遂於110年12月函請動植物防疫所研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，動植物防疫所已於111年1月修正金門縣動物收容中心管理作業規範，增列6項收容所管理策略、5項動物福利指標及配合修正收費標準，並於111年7月登載於該所全球資訊網，據以考核收容處所管理狀況，及加強提升動物收容處所管理品質。另經統計動植物防疫所111年1至7月辦理狂犬病疫苗注射、寵物登記及飼主不擬續養等規費收入，相較去年同期增加5萬6,200元。