高雄市政府海洋局（下稱海洋局）掌理漁港建設及維護管理業務，經審計部高雄市審計處查核發現，汕尾漁港淤積嚴重，使用效益欠佳，部分漁民轉靠泊林園大排，衍生安全風險，又未確實督導廠商辦理抽砂作業等情事，經函請研謀改善，已規劃港區轉型多功能使用，督促廠商設置GPS定位系統，建立浚土檢驗機制，並趕辦泊區闢建工程，逐步完善漁港建設、使用及管理維護作業。
審計處指出，汕尾漁港位處林園區高屏溪出口處，依漁業發展需要及使用目的，為第二類漁港，屬典型河口港，易受河川輸砂量及河口波浪交互影響，港口及航道長年淤積，漁船進出不易，海洋局為供漁民冬季進出港捕撈鰻魚苗，每年辦理疏浚工程，惟因航道回淤，隔年仍須租用機具疏通航道，經統計100至109年度辦理疏浚清淤工程經費達4,077萬餘元。
然而，審計處於110年4月查核發現，汕尾漁港因港內淤積，部分漁民將船筏轉靠泊非屬港區之林園大排並架設簡易碼頭、棧橋，因欠缺管理，存有安全風險；未劃設水域遊憩活動專用區域，影響遊憩安全；疏浚廠商抽砂作業逾核准範圍且浚土未經檢驗即作為養灘之用，暨為紓解淤積困境，推動中芸漁港漁筏泊區闢建工程，惟執行進度落後等，審計處遂於110年6月函請海洋局研謀改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，高雄市政府已於111年3月公告拆除林園大排內違法設施，另海洋局已規劃部分港區轉型為親海等多功能使用、督促疏浚廠商設置GPS定位系統及建立浚土檢驗機制，並趕辦中芸漁港漁筏泊區闢建工程，逐步完善漁港建設、使用及管理維護作業。