臺南市政府教育局(下稱教育局)推動學校午餐中央廚房化，經審計部臺南市審計處查核發現，外訂桶餐及公辦民營學校，由廠商提供教職員午餐免收費對象未一致，且人數差距懸殊，經函請檢討改善，已規範補助人數上限為3人，且不得由廠商提供教職員免收午餐費，以符使用者付費，並保障學生權益。
審計處指出，依教育部101年2月10日召開導師用餐指導費等議題之會議紀錄決議，基於使用者付費，參加午餐的教職員工均應繳交午餐費，如地方政府於午餐相關管理辦法中規定參加午餐之教職員工得免繳午餐費者，其經費應由地方政府自籌，不應由學生所繳午餐費或中央政府補助款支應。
然而，審計處於110年11月查核發現，教育局尚未針對外訂桶餐及公辦民營學校，訂定午餐業務人員補助及免繳午餐費之相關規範，致轄內各校教職員午餐收費情形不一，或由廠商提供教職員免費午餐，或全部自費；又各校免收費人數未有一致性標準，且差距懸殊，審計處遂於111年1月函請教育局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，教育局已於111年3月修正臺南市國民中小學午餐業務補助費實施計畫，自111學年度起由該局編列預算補助外訂桶餐(含公辦民營)學校免收費人數上限為3人，並函請學校不得由廠商提供教職員免收午餐費，以符使用者付費，並保障學生權益。