經濟部水利署（下稱水利署）為因應109年間無颱風帶來大量降雨，造成水情不佳，辦理「109年下半年旱災緊急應變—抗旱水源緊急利用計畫」（下稱抗旱1.0計畫，期程為109年11月至110年7月，計畫經費14億元）及「緊急抗旱水源應變計畫2.0」（下稱抗旱2.0計畫，期程為110年3月至8月，計畫經費49.21億元），以減緩對民生產業衝擊，經審計部查核發現，水利署未明定新鑿抗旱水井抽查機制，確保水井出水功能，經函請檢討改善，已訂定抗旱水井抽查作業要點，建立抗旱水井抽查機制。
審計部指出，水利署為因應臺灣於109年下半年至110年上半年間經歷56年以來最嚴重乾旱，辦理抗旱1.0及2.0計畫，分由該署及台灣自來水公司辦理，耗資10億3,359萬餘元新鑿抗旱水井計237口，實際增加供水量每日可達44.51萬噸。
然而，審計部於111年4月查核發現，上開計畫新鑿抗旱水井併入系統作為常態備援持續使用者有100口、列為緊急備援者有92口、因水質不佳及出水量未如預期而封存未啟用者有45口，水利署於110年12月分區抽查抗旱水井現況後，因未明定抗旱水井抽查機制（時程、抽查比率等），無法確保水井出水功能，亦未追蹤後續改善情形，審計部遂於111年6月函請水利署研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，水利署已於111年6月17日訂定並發布抗旱水井抽查作業要點，建立抗旱水井抽查機制，確保抗旱水井出水功能，俾於水情欠佳及災害應變期間有效統籌運用地下水作為備援水源，降低缺水風險。