經濟部為解決未登記工廠長久既存問題，於108年7月第3次修正工廠管理輔導法（下稱工輔法）。經審計部查核發現，尚有2項子法未配合工輔法修正訂定發布，各地方政府管理輔導計畫亦未配合修正核定，經函請經濟部工業局研謀改善，2項子法及各地方政府管理輔導計畫均已發布(核定)，有利未登記工廠之管理與輔導。
審計部指出，國內未登記工廠問題存在已久，對環境、公共安全及食品安全危害甚巨，經濟部自99年6月起已3度修正工輔法， 108年7月修法採取「不准新增、全面納管、就地輔導」原則辦理。
然而，審計部於110年4月查核發現，108年間工輔法增訂計14條條文，其中須配合訂定或修正子法或配套措施者計12項，截至110年3月底止，尚未依第28條之10規定完成2項子法之訂定；另管理輔導計畫內容包括推動目標、分區清查、定期追蹤或巡查計畫等，惟各地方政府管理輔導計畫尚未配合修正核定，不利未登記工廠之管理輔導。審計部遂於110年5月27日函請研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，經濟部工業局已分別於110年6月21日及30日，發布特定工廠申請變更編定為特定目的事業用地審查辦法、群聚地區認定原則，明確定義群聚地區，並對非屬群聚地區且位於都市計畫以外之特定工廠登記者，辦理用地變更編定之申請及審查予以規範；另截至111年5月5日止，各地方政府管理輔導計畫已修正核定，有利未登記工廠之管理與輔導。