政府為改善及維護我國水體環境品質，由行政院環境保護署(下稱環保署)及各地方政府協力執行河川污染整治計畫，惟污染整治計畫執行成效仍待加強，且公共污水下水道系統建設及用戶接管進度遲緩，經審計部函請檢討改善。環保署已邀集內政部營建署、經濟部工業局、農業委員會、科技部及各地方政府研商污染減量之合作分工方式，以有效改善河川水質。
審計部指出，環保署為推動河川上中下游整體整治，改善及維護我國水體環境品質，於101至109年度辦理「水體環境水質改善及經營管理計畫」及「永續水質推動計畫—氨氮削減示範計畫」，從生活污水、事業廢水及畜牧廢水等3種河川污染面向，推動淡水河、南崁溪、老街溪、濁水溪、新虎尾溪、北港溪、急水溪、鹽水溪、二仁溪、阿公店溪、愛河及東港溪等12條重要河川之污染整治。
然而，審計部於110年3月查核發現，污染整治計畫常年來投入鉅額經費，透過生活污水截流設施、人工濕地、礫間接觸、曝氣設施等現地處理設施，進行後端污染整治，惟一旦計畫屆期，相關補助經費不再挹注地方政府，部分河川污染指標（RPI）隨即於隔年惡化；又未能按生活污水污染嚴重程度，積極協調營建署突破部分重點河川流域內公共污水下水道系統建設及用戶接管進度遲緩之困境，並落實督導地方政府檢測社區專用污水下水道、預鑄式建築物污水處理設施及化糞池之操作維護情形，致河川RPI未顯著下降，影響河川污染整治成效，經函請行政院督促環保署檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，環保署已於110年9月30日、10月14日邀集經濟部工業局、農業委員會及地方政府召開會議，研商工業廢水及生活污水跨部會協商合作分工方式，並於111年度將「生活污水污染削減專案計畫」，納入年度地方水污染防制評核計畫考評，督促地方政府落實推動，以有效改善河川水質。