依據行政院農業委員會動植物防疫檢疫局（下稱防檢局）統計資料，我國種植檳榔之面積僅次於稻米。經審計部教育農林審計處查核發現，防檢局及農糧署檳榔種植用藥管理不足，經函請督促檢討改善，已修正農藥使用及農產品農藥殘留抽驗辦法，增訂檳榔作物之農藥殘留限量表，並辦理農藥殘留抽驗作業，有助於提升民眾飲用水源水質安全。
審計處指出，據防檢局統計資料，我國檳榔103至107年度累計產量達53.96萬公噸，累計產值506億餘元，種植面積僅次於稻米。該處運用地理資訊系統（GIS）套疊林務局106年第4次森林調查與自來水水源水質保護區圖資結果，發現檳榔之種植面積有4.08萬公頃（39.66％）位於自來水水源水質保護區，僅次於果樹，檳榔作物安全用藥管理良窳，影響民眾飲用水源水質之安全。
然而，審計處於108年9月查核發現，防檢局未核准檳榔病蟲害防治之農藥，農民種植檳榔應不得使用農藥，惟據農業藥物毒物試驗所104年度調查結果顯示，全臺檳榔園土壤檢出陶斯松殺蟲劑之比率高達79％，該會農糧署亦未針對檳榔進行農藥殘留抽驗，亟待儘速研訂檳榔田間用藥規範，並強化其安全用藥管理，審計處遂於109年2月函請行政院農業委員會督促檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，防檢局已於109年5月7日公告修正農藥使用及農產品農藥殘留抽驗辦法第9條，增訂檳榔作物之農藥殘留限量表，農糧署並請各地方政府依轄區檳榔作物種植面積辦理相關農藥殘留抽驗作業，110年度抽驗104件，合格率81.7％，有助於提升民眾飲用水源水質安全。