行政院農業委員會（下稱農委會）為保障消費者食用安全衛生肉品，推動國產生鮮豬肉溯源制度。經審計部教育農林審計處查核發現，該會未將量販店或超級巿場等傳統巿場以外之販售通路納入溯源範圍，經函請檢討改善，已建構全面性之國產生鮮豬肉溯源制度，有助於保障消費者食用安全衛生之肉品。
審計處指出，農委會於105年9月正式啟動國產生鮮豬肉追溯系統，消費者可使用手持裝置掃描肉攤上之國產生鮮豬肉追溯標示牌QR code，或輸入肉攤業者標示牌之8位溯源碼，即可顯示該豬隻拍賣日期、拍賣市場及來源牧場等資訊，以建構肉品安全之追溯制度。嗣於106至109年度擴大辦理國產生鮮豬肉溯源計畫，預計於109年度將傳統市場生鮮肉攤與量販店或超級市場國產生鮮豬肉之溯源覆蓋率達80％。執行結果，106至109年度之溯源覆蓋率分別為51.4％、69.5％、86.6％及86.6％，已大幅成長。
然而，審計處於110年3月查核發現，上開溯源覆蓋率僅以傳統市場生鮮肉攤為母數計算，未將量販店或超級市場等傳統市場以外之國產生鮮豬肉販售通路納入計算，未能達成全面保障國人食用安全衛生肉品之目的，審計處遂於110年6月函請農委會檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，截至110年底止，農委會已將未經肉品巿場拍賣，由屠宰場直送量販店或超級市場之國產生鮮豬肉納入溯源範圍，國產生鮮豬肉可追溯覆蓋率達96.77％（國產生鮮豬肉追溯系統登載數/全國屠宰檢查數），有助於保障消費者食用安全衛生之肉品。