臺北市政府衛生局(下稱衛生局)委託臺北市立聯合醫院(下稱聯合醫院)代辦結核病實驗室遷建工程，經審計部臺北市審計處查核發現，該工程已辦理逾10年仍未取得生物安全第3等級實驗室許可，經函請檢討改善，實驗室已於111年1月17日取得許可並啟用。
審計處指出，衛生局為將所屬聯合醫院林森院區之結核菌第2等級負壓實驗室提升為生物安全第3等級，於99年10月斥資2,738萬餘元，委託聯合醫院代辦結核病實驗室遷建工程及相關機械設備採購，並將實驗室遷建至昆明院區。
然而，審計處於109年7月查核發現，本案設計因排氣HEPA過濾器設備欠缺備援，肇致工程103年完成後，無法符合生物安全第3等級安全規範標準，未獲衛生福利部疾病管制署(下稱疾管署)核准啟用，審計處遂於110年2月函請臺北市政府督促檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，聯合醫院已完成實驗室改善工程並符合生物安全第3等級安全規範標準，且於111年1月17日獲疾管署核准啟用，發揮工作人員與環境之生物安全保障，及妥善因應新興傳染性疾病之挑戰。