內政部（營建署）自81年起補助市縣政府興辦公共污水下水道系統，經審計部查核發現，歷年考核評鑑地方政府執行結果，未納為次年度補助經費審查依據，經函請檢討改善，已修正相關補助規範，強化監督考核機制。
審計部指出，依中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法第14條第2項規定，直轄市、縣（市）政府執行補助計畫時，如有執行績效不佳等情形者，各該主管機關得縮減或取消補助。
然而，審計部於109年10月查核發現，內政部營建署（下稱營建署）106至108年辦理污水下水道建設計畫考核評鑑，評鑑項目分3個面向，其中有關「計畫執行及管制」面向，曾被考列丙等且連續2年考核結果評等不佳，計有新竹縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣、嘉義市、屏東縣、臺東縣、澎湖縣及連江縣等縣（市）政府，連帶影響總評鑑成績。惟營建署於核定次年度補助款，仍給予各該縣市財力分級之最高補助比率（92％至98％），顯示該署考核評鑑結果未納作地方政府補助款審查之依據，難以促使提升補助計畫執行成效，審計部於110年3月函請檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，營建署已於110年11月18日修正「內政部營建署補助直轄市及縣（市）政府辦理污水下水道建設計畫作業要點」，增列「近3年之縣（市）考核評鑑成績平均」作為審查地方政府污水下水道建設計畫之評分項目，據以分配各市縣補助經費額度，促使提升建設計畫執行成效。