臺南市政府(下稱市府)辦理民間團體補(捐)助案件審核業務，經審計部臺南市審計處查核發現，市府尚未介接使用行政院開發之民間團體補(捐)助系統(下稱CGSS系統)，難以釐清受補助民間團體申請補(捐)助案件全貌，經函請研謀改善，已介接使用CGSS系統並修訂相關規定，強化補(捐)助案件之源頭審核控管作業。
審計處指出，市府為加強對民間團體及個人補(捐)助案件經費之考核及管制，有效配置各項補(捐)助資源，於100年2月15日發布「臺南市政府對民間團體及個人補捐助預算執行應注意事項」，並於市府全球資訊網市政資訊項下設置民間團體補助專區，公告各年度對民間團體補(捐)助經費明細表。
然而，審計處於106年8月查核發現，市府尚未介接使用CGSS系統，部分民間團體申請補(捐)助案件亦未依上開注意事項列明向其他機關申請之項目及金額，結報時亦未揭露其他單位(機構)實際補(捐)助金額，難以釐清其實際受補(捐)助全貌，審計處遂於106年8月、107年11月及108年5月陸續函請市府申請介接使用CGSS系統，以強化補捐助案件之審核作業。
審計處表示，經追蹤改善情形，市府已自110年6月正式介接使用CGSS系統，並督促所屬機關落實登錄補(捐)助民間團體案件相關資料，截至110年底止，已登錄3,748件，以利各機關查詢民間團體向不同機關申請補(捐)助之事由及金額等資訊；市府並於110年12月修正「臺南市政府對民間團體及個人補捐助預算執行應注意事項」第7項規定，明訂補助對象之除外規定，俾使補(捐)助申請及審核作業更為公開透明，強化補(捐)助案件之源頭審核控管作業。