澎湖縣政府為改善內灣及四周海域水質，建置水資源回收中心，防止水域污染，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，尚未建置相關水質規範或機制，經函請檢討改善，已訂定澎湖縣污水下水道可容納之下水水質標準，從源頭管制進入污水下水道水質，以提升設施效能。
審計室指出，該府為改善內灣水質、居住環境衛生、提升生活品質、防止水域污染，已辦理光榮、雙湖園等2處水資源回收中心新建工程，以提升整體污水處理率。
然而，審計室於109年12月查核發現，依下水道法第25條第1項規定：「下水道可容納排入之下水水質標準，由下水道機構擬訂，報請直轄市、縣（市）主管機關核定後公告之。」澎湖縣政府為改善污水接管與處理率，已辦理水資源回收中心新建工程，惟尚未建立污水下水道可容納排入之下水水質限值之規範或機制，不利從源頭管制進入污水下水道之水質，為有效提升設施效能，審計室遂於110年1月函請檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，該府業於110年10月27日發布「澎湖縣污水下水道可容納排入之下水道水質標準」，並自發布日施行，以有效管理污水下水道系統與處理後之放流水水質。