屏東縣政府對於民間團體之補助，經審計部臺灣省屏東縣審計室查核發現，尚未介接使用中央主管機關建置之民間團體補(捐)助系統(下稱CGSS)，不利管理民間團體跨機關申請補助情形，經函請檢討改善，已介接使用CGSS，提升補助經費管理效能。
審計室指出，行政院為強化民間團體補(捐)助案件源頭管理，發揮資源共享及內部控制之功能，於104年1月函請所屬機關自當年起將補(捐)助民間團體資料登載於CGSS，後續並開放地方政府申請介接使用；另按屏東縣政府對民間團體補助經費作業要點第6點及第8點規定，民間團體申請經費補助應檢附詳實之實施計畫及經費概算明細表；計畫執行完竣辦理經費核銷，如接受2個以上機關補助，實際支用明細表應列明各機關補助項目及金額，俾使相關資訊完整透明。
然而，審計室於109年4月查核發現，屏東縣政府尚未介接使用CGSS，且間有民間團體以同一案由向不同機關提出計畫申請補助，未列明向各機關申請補助項目及金額，致有跨機關超額補助情形，審計室遂於109年6月函請屏東縣政府查明改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，屏東縣政府除向違規之民間團體追繳補助款及予以停止補助處分外，並已於110年7月介接使用CGSS，以利查詢民間團體跨機關申請補助情形，大幅提升補助經費管理效能。