新竹縣政府環境保護局（下稱環保局）辦理司馬庫斯部落水質改善示範工程，經審計部臺灣省新竹縣審計室查核發現，該局未確實督促廠商辦理代操作與維護保養作業，並適時修復損壞設備，造成公共建設長期閒置，無法達成預期效益，經函請檢討改善並報告監察院，該院立案調查後，糾正新竹縣政府。
審計室指出，環保局為妥善處理司馬庫斯部落居民及遊客產生之生活污水，以維護部落位於石門水庫集水區水質，於98至101年間獲行政院環境保護署（下稱環保署）核定補助經費1,903萬元，辦理司馬庫斯部落水質改善示範工程，該工程於102年3月28日開工、103年2月14日竣工、103年3月25日完成驗收，驗收後續由廠商代操作與維護保養3年，再移交該局接管。
然而，審計室於109年4月查核發現，環保局未確實督促廠商辦理代操作與維護保養作業，且未能有效解決設備損壞等問題，致污水處理系統無法使用而閒置，該局接管後，又未辦理設備日常維護及損壞修復，亦未就設備閒置經年研提改善方案，持續任令污水處理系統閒置逾3年，復未研謀生活污水處理替代方案，致排放之廢(污)水水質不符放流水標準，影響環境衛生與集水區水質，經於109年 6月函請新竹縣縣長查明妥處並報告監察院。
審計室表示，經追蹤改善情形，環保署於110年4月20日辦理現勘，提出現況問題及解決方案，環保局後續配合進行改善。本案業經監察院立案調查，於110年8月31日公告糾正新竹縣政府。(詳監察院公報第3237期)