金門酒廠實業股份有限公司(下稱金酒公司)為提升酒瓶包裝效率及降低包材運輸成本，規劃辦理相關庫儲興建投資計畫，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，投資計畫辦理過程一再變更需求，且決策反覆不定，致已完成之設計成果無法運用，增加不經濟支出，未能達成預期效益，經審計機關函請檢討改善，已研訂相關制度規章，避免再次因決策反覆及預算管控欠當而影響計畫執行進度。
審計室指出，金酒公司為提升酒瓶包裝品質及解決各項包裝材料露天儲放問題，自92年起辦理包裝工廠及包材庫新建工程計畫，嗣因營建物價大幅上漲，於97年暫緩執行，99年終止設計契約，棄置原設計成果，致已支付之設計費2,786萬餘元，形同虛擲，並經監察院於100年糾正在案，為改善糾正缺失，該公司於100年重啟相關計畫，投資總額10億4,860萬元，預計105年完成。
然而，審計室於108年11月查核發現，投資計畫於100年重啟後，因一再變更工程需求，致設計成果超逾原預算額度，且未獲金門縣政府核定而再次虛擲設計費，遲遲無法改善現有工作環境欠佳及庫儲不足等問題，未能達成提升酒瓶包裝效率、減少運輸成本之預期效益，且106年決議暫緩興建後，108年又再重啟，決策反覆，執行多年仍未完工啓用，審計室遂於108年12月函請金門縣政府研謀改善措施。
審計室表示，經追蹤改善情形，金酒公司已於109年11月16日訂定「金門酒廠實業股份有限公司購建固定資產審查及執行管控要點」，自110年1月起施行，以規範投資計畫之執行及預算編審作業程序，進而落實相關提報、審查、執行追蹤及管控作業，並將相關考核及列管事項列入年度經營績效考核重點。