依據「食品加工用二氧化碳衛生標準」規定，二氧化碳生產來源規格僅有「發酵法」，經審計部查核發現，衛生福利部(下稱衛福部)卻以個案審查方式同意生產之二氧化碳用於食品加工用途，經函請衛福部督促食品藥物管理署(下稱食藥署)研謀改善措施，已修正將二氧化碳移列以食品添加物管理。
審計部指出，衛福部為管理食品衛生安全及品質，維護國民健康，於102年8月20日修正「食品加工用二氧化碳衛生標準」第2條規定，食品加工用之二氧化碳規格來源係來自發酵法生產者1種，並未明列其他來源。
然而，審計部查核發現，有關食品加工用二氧化碳，食藥署於104年2月26日網站刊登新聞資訊：生產業者得檢附製程及規格等資料向該署提出申請，該署透過個案審查方式，允許其他以環氧乙烷及氫/氨製程來源生產之二氧化碳用於食品加工用途等，與上開衛生標準所訂來源規格有間；且該署亦未就該等事項納入相關法規或函知有關單位或業者，審計部遂於107年11月5日函請食藥署查明妥處，並於108年1月3日函請衛福部督促食藥署研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，據衛福部說明，由於生產技術演進，業於110年2月22日發布修正「食品添加物使用範圍及限量標準」，將二氧化碳移列以食品添加物管理，預定111年7月1日實施，屆時廢止「食品加工用二氧化碳衛生標準」，未施行前之製程來源以個案審查方式核准，並通函地方政府衛生主管機關、有關產業工會及業者，請加強自主管理，以確保食安。