南投縣政府稅務局(下稱稅務局)辦理房屋稅及地價稅稽徵作業，經審計部臺灣省南投縣審計室查核發現，部分案件未依實際使用情形課徵房屋稅或地價稅，經促請檢討改善，已依法補徵稅額並釐正稅籍資料，落實掌握稅源及維護租稅公平。
審計室指出，房屋稅條例第5條規定，房屋稅依住家用及非住家用，按不同稅率課徵。財政部79年6月18日台財稅第790135202號函略以，課徵田賦之農業用地，在依法辦理變更用地編定或使用分區前，變更為非農業使用者，應自實際變更使用之次年期起改課地價稅。
然而，審計室於109年9月查核發現，部分工廠或有營利事業設籍之房屋，未依規定以營業用稅率課徵房屋稅，或部分農地非供農業使用，仍以田賦課稅，未改課地價稅等情事，審計室遂於 109 年11 月函請稅務局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，稅務局已於110年7月完成清查及釐正相關稅籍資料，並補徵房屋稅及地價稅計202件、金額471萬餘元，嗣後並將加強蒐集課稅資料，積極辦理查核作業，落實掌握稅源及維護租稅公平。