臺南市政府環境保護局(下稱環保局)為減少畜牧廢水排入河川影響水質，自105年起推動畜牧糞尿資源化政策，審計部臺南市審計處查核發現，轄內前十大養豬場逾半數未加入沼液沼渣作農地肥分使用等資源化計畫，畜牧廢水回收成效有待提升，經函請檢討改善，已積極輔導畜牧業者參與，落實畜牧業循環經濟。
審計處指出，畜牧業為臺南市重要農業生產項目，其所排放廢水為轄內急水溪及鹽水溪主要污染源之一，為減少畜牧廢水排入河川，改善河川水質，並有效利用畜牧廢水提升農田土壤養分，環保局自105年起推動沼液沼渣作農地肥分使用等各項畜牧糞尿資源化計畫，期降低畜牧業對環境影響與衝擊。
然而，審計處於107年4月查核發現，臺南市轄內飼養規模超過3,000頭之大型養豬場計有46家，僅23家加入沼液沼渣作農地肥分使用等資源化計畫，其中前十大養豬場飼養12萬餘頭豬隻，約占大型養豬場4成飼養量，卻逾半數尚未參與畜牧糞尿資源化政策，畜牧廢水回收成效有待提升。審計處遂於107年5月函請環保局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，環保局已於108至110年6月間，辦理18場宣導說明會及2場觀摩會，輔導業者加入沼液沼渣作農地肥分使用等資源化計畫，截至110年6月底止，轄內列管豬牛畜牧業者610家，已核定189家業者加入該等資源回收計畫，核定總施灌量761,617公噸、總施灌面積235公頃，為六都第一，其中飼養規模超過3,000頭之大型養豬場39家已有35家加入，參與率已近9成，且前十大養豬場已全數加入，畜牧廢水回收成效大幅提升，有效落實畜牧業循環經濟，降低畜牧業對環境影響與衝擊。