金門縣衛生局(下稱衛生局)為強化檢驗室功能，106年度斥資2,163萬餘元添購氣相層析串聯質譜儀等5項設備，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，該等儀器設備未經評估檢驗需求與功能定位即添購，且檢驗項目通過認證之比率偏低，經審計機關函請檢討改善，已確認增加微生物檢驗，並通過多項檢驗項目認證，提升民眾對食品安全檢驗之信心。
審計室指出，衛生局藥物食品檢驗科附設檢驗室於104年3月25日通過衛生福利部食品藥物管理署之實驗室認證，且為提升檢驗項目之報告可信度，申請檢驗項目進行認證，104年已取得「過氧化氫」、「乙醇」、「甲醇」及「黃麴毒素」等4項TAF與FDA認證標章。又為提升檢驗室之檢驗量能，於106年度斥資2,163萬餘元添購氣相層析串聯質譜儀等5項設備，以增加檢驗室儀器之檢驗項目及功能，保障民眾食品安全。
然而，審計室於107年3月查核發現，衛生局現有儀器可進行檢驗項目共22項，分別為食品化學16項及微生物6項，惟通過認證之檢驗項目僅4項，認證比率僅18.18％，尚屬偏低，且106年擴充檢驗室之儀器設備，事前未調查金門地區檢驗需求與功能定位，添購後遲未確認其檢驗項目辦理檢驗作業，審計室遂於107年5月函請衛生局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至110年7月底止，衛生局已評估檢驗需求，並確認該等儀器設備可進行之檢驗項目為25項(食品化學15項，微生物10項)，並再取得防腐劑等7項檢驗認證，綜計認證項目為11項，認證比率由18.18％(4項/22項)，增加至44％(11項/25項)，強化檢驗品質及檢驗報告之公信力，提升民眾對食品安全檢驗之信心。