臺灣省11縣及福建省金門、連江2縣等13縣所轄198個鄉鎮市與4直轄市所轄6個山地原住民區(下稱鄉鎮市及山地原住民區)109年度總預算，經審計部地方審計處室(下稱審計處室)檢視發現，部分預算編列項目與法令規定未盡相符等情事，經審計處室函請研謀妥處，業於辦理追加(減)預算時減列或凍結相關經費支出；另建請行政院主計總處督促各該市縣政府落實控管機制並加強追蹤考核，以匡正地方財政紀律。
審計處室指出，依共同性費用編列基準表備註事項，所列費用基準，係編列預算最高標準，各級政府機關應視財力或預算容納情形，核實編列。另中央對直轄市與縣(市)政府計畫及預算考核要點規定，對鄉鎮市及山地原住民區預算收支管考部分，係由直轄市、縣政府指導監督。鄉鎮市及山地原住民區109年度總預算，綜計編列歲入預算576億5,467萬餘元、歲出預算639億2,196萬餘元。
然而，審計處室檢視各鄉鎮市及山地原住民區109年度預算編列情形，發現有部分預算編列項目與法令規定未盡相符，或預算內容未盡周詳等情事，計有15市縣所轄155鄉鎮市區共344項，審計處室遂於109年1至2月間函請各該市縣政府督促各公所妥適處理；另經審計部於109年6月10日建請行政院主計總處督促市縣政府落實控管機制並加強追蹤考核。
審計處室表示，經追蹤改善情形，行政院主計總處已於109年6月24日函請各該市縣政府加強督促所轄鄉鎮市及山地原住民區公所依規定檢討改進，嗣後避免類此缺失重複發生，並將依對市縣預算編列及執行預警與一般性補助款考核規定辦理管考。經統計截至109年12月底止，各該公所已於追加(減)預算時減列或凍結相關經費支出計755萬餘元，並持續控管預算編列與執行情形。