高雄市政府環境保護局(下稱環保局)經管高雄市環境保護基金，經審計部高雄市審計處查核發現，未審慎控管空氣污染防制資金支出，自105年度起連年發生虧損，經函請檢討改善，已加強預算、財務控管及提案計畫審查以撙節支出，109年度已轉虧為盈，確保空氣污染防制所需財源無虞。
審計處指出，高雄市環境保護基金包含空氣污染防制、水污染防治、一般廢棄物清除處理及環境教育等4項專款專用資金，其中空氣污染防制資金主要收入來源，係依空氣污染防制法徵收之空氣污染防制費收入，並依收入編列支出預算執行各項空氣污染防制計畫，以提升空氣品質，歷年尚能量入為出，運作結果多能產生賸餘，供持續推動空氣污染防制措施之用。
然而，審計處於107年11月查核發現，空氣污染防制資金自105至107年度，除辦理預算原定用途項目外，陸續以營運所需為由，採併決算方式辦理57項案件，支出達9億2,393萬餘元，致該資金執行結果轉盈為虧，連續3年入不敷出，其中107年度短絀達4億1,214萬餘元，財務控管顯欠允妥，不利空氣污染防制措施之規劃施行，審計處遂於107年12月函請環保局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，環保局已督促空氣污染防制資金減少併決算支出，及加強預算、財務控管，以確保資金有效運用，109年度空氣污染防制資金已轉虧為盈，賸餘2億7,871萬餘元，有效提升財務控管效益，確保空氣污染防制財源之永續性。