臺中市政府農業局(下稱農業局)經管高美野生動物保護區，經審計部臺中市審計處查核發現，遲未完成修正高美野生動物保護區保育計畫及重新公告管制範圍，影響生態保育及有效管制工作進行，經函請檢討改善，已完成修正並重新公告保護區，以有效保護高美濕地生態資源及野生動物棲息環境。
審計處指出，前臺中縣政府於93年9月公告臺中縣高美野生動物保護區範圍暨相關規定事項，臺中縣市合併升格直轄市後，農業局於101年6月公告高美野生動物保護區分區管制範圍暨相關管制事項，惟因前往保護區遊客人數眾多，造成保護區內土壤硬化，動物棲地環境遭到破壞，且所規定之管制範圍及管制事項，與104年2月2日施行之濕地保育法間有不合情形，該局乃於107年4月及7月間提送修正「高美野生動物保護區」保育計畫書報請行政院農業委員會(下稱農業委員會)審核。
然而，臺中市審計處於109年3月查核發現，農業委員會林務局於108年12月審議農業局所提之保育計畫書修正案，決議請臺中市政府於109年2月底前重新公告修正高美野生動物保護區，惟農業局遲未完成保育計畫書修訂及重新辦理保護區公告作業，影響保育工作之進行，經於109年4月29日函請研謀改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，農業局已修正高美野生動物保護區保育計畫，報請農業委員會審核後，已於110年6月1日核定，並於同年月23日公告變更「高美野生動物保護區」分區管制範圍暨相關管制事項，以期能妥善經營高美野生動物保護區之自然生態資源、保護野生動物棲息環境，達生態資源永續利用之目標。